生物信息分析培训班——多样性&转录组&简化基因组
(官网banner图）
美吉生信分析培训班开班啦！
本次培训共分五期，主题涉及多样性、转录组与简化基因组，同时为了满足老师们对生信分析的不同需求，5123五湖四海第一站针对多样性与转录组特分别开设了入门班与进阶班。美吉期待与您相约！
为保证培训效果，本次培训班每班30人，额满为止！
主办单位：上海5123五湖四海第一站医药科技有限公司
开课时间：2016年7月25-8月26号
开课地点：5123五湖四海第一站上海总部：上海市浦东新区康新公路3399弄时代医创园3号楼
课程安排：
多样性入门班
|
日期 |
时间 |
课程 |
授课内容 |
|
7.25 |
08：30-11:30 |
Linux入门及基础操作 |
Linux介绍，常用命令使用、文本编辑器等 |
|
13：00-17:00 |
R语言基础及作图 |
R软件及R package安装，数据类型，基础语法，常用数据处理方法,常用绘图命令、绘图参数使用等 |
|
|
18:00 |
晚宴 |
|
|
|
7.26 |
08：30-11:30 |
微生物多样性研究概要 |
多样性研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读 |
|
13：00-17:00 |
微生物多样性基础分析 |
常用分析软件及数据库介绍、序列质控、OTU聚类与物种分类、α多样性分析等 |
|
|
7.27 |
08：30-11:30 |
微生物多样性标准分析 |
相关package安装，群落组成柱图，heatmap图，venn图分析等的实现 |
|
13:00-17:00 |
微生物多样性标准分析·续 宏基因组研究概要 |
相似度聚类树、PCA/PCoA分析及RDA/CCA分析等的实现 宏基因组研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读等 |
|
|
7.28 |
08：30-11:30 |
宏基因组分析 |
宏基因组分析流程和常用工具介绍
|
|
13:00-17:00 |
课程回顾、总结、答疑 |
|
适用于：
具备微生物多样性分析基本理论知识；
Linux系统或R语言零基础或薄弱基础；
注： 有一定编程经验更佳！
多样性进阶班
|
日期 |
时间 |
课程 |
授课内容 |
|
8.1 |
08：30-11:30 |
微生物多样性研究概要 |
多样性研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读 |
|
13：00-17:00 |
微生物多样性基础分析 |
常用分析软件及数据库介绍、OTU聚类与物种分类、α多样性分析等的算法、原理和实现 |
|
|
18:00 |
晚宴 |
|
|
|
8.2 |
08：30-11:30 |
R语言数据处理与绘图 |
数据采集，数据清洗，常规数据运算，常用R包介绍（ggplot2等），常用统计函数等 |
|
13：00-17:00 |
R语言数据处理与绘图 |
数据采集，数据清洗，常规数据运算，常用R包介绍（ggplot2等），常用统计函数等 |
|
|
8.3 |
08：30-11:30 |
微生物多样性标准分析 |
群落组成分析（柱图，heatmap图），群落比较分析（venn图），相似度聚类树及组合heatmap图等的算法、原理、参数调整和结果优化 |
|
13:00-17:00 |
微生物多样性高级分析 |
排序分析（PCA/PCoA分析，NMDS分析及RDA/CCA分析），stamp分析，cytoscape分析等的算法、原理、参数调整和结果优化 |
|
|
8.4 |
08：30-11:30 |
宏基因组研究概要 |
包括研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读等 |
|
13:00-17:00 |
宏基因组分析
|
宏基因组分析流程和常用工具介绍
|
|
|
8.5 |
08：30-11:30 |
宏转录组研究概要 |
包括研究进展及应用、研究思路、经典案例、方案设计、结果解读等 |
|
13:00-17:00 |
宏转录组分析思路； 课程回顾、总结、答疑 |
宏转录组分析思路和常用工具介绍 |
适用于：
具备微生物多样性分析基本理论知识；
熟练使用Linux系统进行日常操作（查看，编辑，复制，删除，压缩，执行软件等）；
会使用R语言进行简单数据分析（了解数据类型，基础语法，文件读写，简单绘图命令等）；
有一定编程经验（了解数据类型，变量，表达式，循环，选择等）。
简化基因组
开课时间：8.22开始（具体待定）
课程安排：内容暂时待定
说明：以上课程内容可能会有微调，具体课程信息以实际上课为准。
上机课程需学员自己携带笔记本电脑。
培训特色
